O Sul de Portugal, que inclui as regiões do Alentejo e do Algarve, é um "ex libris" de observação de aves do país. Em conjunto, estas regiões Têm a maioria das espécies de aves do país.

O Alentejo é conhecido pelas suas extensas planícies agrícolas e estepes. A região de Castro Verde é o principal hotspot desta região. Aqui é possivel observar abetarda, sisão, grou-comum, milhafre-real, Ptartaranhão-caçador, milhafre-preto, peneireiro-vulgar, francelho, alcaravão, cortiçol-de-barriga-preta, cuco-rabilongo, calandra, calhandrinha-comum, entre outros.

O Algarve é conhecido pelas suas maravilhosas zonas húmidas e pela sua costa diversificada. Cerca de 395 espécies de aves podem ser observadas na região, o que significa que cerca de 95% de todas as espécies de aves observadas em Portugal podem ser vistas na região numa determinada época do ano.

O Parque Natural da Ria Formosa é um lugar a que qualquer observador de aves não pode falhar! É uma das mais importantes zonas húmidas protegidas da Europa e caracteriza-se por dunas costeiras arenosas que protegem uma lagoa formando uma variedade de habitats naturais: ilhas barreira, lodaçais, dunas, sapais, lagoas de água doce e água salobra, cursos de água, florestas e zonas agrícolas. As aves aquáticas são um grupo bem representado com a maioria das espécies das ordens Anseriformes, Podicipediformes, Gruiformes, Ciconiiformes e Charadriiformes. Mais de uma centena de espécies deste grupo estão presentes na região. No parque é possível avistar: garçote, garça-vermelha, várias espécies de mergulhões e patos, caimão-comum (o símbolo do parque), pernilongo, borrelho-de-colheira interrompida, alfaiate, pega-azul, poupa, e abelharuco.

Sagres, no extremo oeste do Algarve, é um lugar conhecido para a observação de aves, especialmente durante a migração de Outono. As aves que passam em migração incluem aves marinhas, aves de rapina e passeriformes. Nas outras estações do ano, a observação de aves também é vale a pena. As aves de rapina comuns na zona são grifos, águias-calçadas e águias-cobreira, águias-d'asa-redonda, milhafres-pretos, abutres-do-Egipto e falcões-preregrinos.

Outro local obrigatório é a Lagoa dos Salgados, uma grande lagoa costeira salobra que é protegida do oceano pelo grande sistema dunar adjacente da praia da Praia Grande. Este local é uma área de reprodução para o zarro-castanho e um local eleição para caça e nidificação para o caimão, a garça-vermelha e o garçote. Outras garças, colhereiros e flamingos também são frequentes neste local. 

Mesmo junto à fronteira espanhola, encontra-se a Reserva Natural de Castro Marim. A área é caracterizada por numerosos canais, planícies salinas e salinas, que albergam mais de 200 espécies de aves ao longo do ano. Durante um dia de caminhada nesta área, é possível observar facilmente mais de 60 espécies. Algumas espécies nidificantes na área são o alfaiate, o pernilongo, a calhandrinha-das-marismas (único local em Portugal onde ocorre) e o cuco-rabilongo.