El sur de Portugal, que incluye las regiones del Alentejo y el Algarve, es el "ex libris" ornitológico del país continental.  Juntas, estas regiones abarcan la mayor parte de las especies de aves del país.

El Alentejo es conocido por sus extensas llanuras agrícolas y estepas. La zona de Castro Verde es el principal puntode  interés de esta región. Aquí viven la avutarda, el sisón común, la grulla común, el milano real, el aguilucho cenizo, el elanio común, el cernícalo primilla, el alcaraván común, la ganga ortega, el críalo europeo, la calandria, la alondra común y la calandria común, la bisbita común y el petirrojo de matorral, entre otros.

El Algarve es conocido por sus maravillosos humedales y la diversidad de su costa. En la región se pueden observar unas 395 especies de aves, lo que significa que alrededor del 95% de todas las especies de aves observadas en Portugal pueden verse en la región en una determinada época del año.

El Parque Natural de Ria Formosa es un lugar que cualquier observador de aves no puede perderse. Es uno de los humedales protegidos más importantes de Europa y se caracteriza por las dunas arenosas costeras que protegen una laguna formando una variedad de hábitats naturales: islas de barrera, marismas, dunas, marismas saladas, estanques de agua dulce y salobre, vías fluviales, bosques y zonas agrícolas. Las aves acuáticas son un grupo bien representado con la mayoría de las especies de los órdenes Anseriformes, Podicipediformes, Gruiformes, Ciconiiformes y Charadriiformes. Más de cien especies de este grupo están presentes en la región. En el parque es posible avistar avetorillo, garza imperial, varias especies de zampullines y patos, calamón común (el símbolo del parque), cigüeñuela común, chorlito patinegro, avoceta, rabilargo, abubilla y abejaruco europeo.

Sagres, en el extremo occidental del Algarve, es un lugar muy conocido para la observación de aves, especialmente durante la migración otoñal. Las aves que pasan en la migración incluyen aves marinas, rapaces y paseriformes. En otras épocas del año, la observación de aves también merece la pena. Las especies de rapaces más comunes en la zona son el buitre leonado, el águila culebrera y el águila calzada, el busardo ratonero, el milano negro, el alimoche común y el halcón peregrino.

Otro lugar obligatorio es la Lagoa dos Salgados, una gran laguna costera salobre que está protegida del océano por el gran sistema de dunas adyacente de la playa Grande. Este lugar es una zona de cría para el porrón pardo y un lugar de anidación preferido para el calamón común, la garza imperial y el avetorillo. También suelen estar presentes otras garzas, espátulas-comunes y flamencos comunes.

Justo al lado de la frontera española, se encuentra la Reserva Natural de Castro Marim. La zona se caracteriza por sus numerosos canales, salinas y salinas, que albergan más de 200 especies de aves a lo largo del año. Durante un día de paseo por esta zona, es posible observar fácilmente más de 60 especies. Algunas de las especies que se reproducen en la zona son la avoceta común, la cigüeñuela común, la terrera marismeña (único lugar de Portugal donde se da) y el críalo europeo.