Der Süden Portugals, zu dem die Regionen Alentejo und Algarve gehören, ist das vogelkundliche "Exlibris" des portugiesischen Festlands.  Zusammen beherbergen diese Regionen die meisten Vogelarten des Landes.

Der Alentejo ist bekannt für seine ausgedehnten flachen landwirtschaftlichen Ebenen und Steppen. Das Gebiet von Castro Verde ist der wichtigste Hotspot in dieser Region. Hier leben unter anderem Großtrappe, Zwergtrappe, Kranich, Rotmilan, Wiesenweihe, Schwarzmilan, Rötelfalke, Triel, Sandflughuhn, Kuckuck, Blauracke, Kalanderlerche, Kurzzehenlerche und Theklalerche, Brachpieper und Buschrotschwanz.

Die Algarve ist bekannt für ihre wunderschönen Feuchtgebiete und ihre abwechslungsreiche Küstenlinie. Etwa 395 Vogelarten können in der Region beobachtet werden. Das bedeutet, dass etwa 95 % aller in Portugal beobachteten Vogelarten zu einer bestimmten Jahreszeit in der Region zu sehen sind.

Der Naturpark Ria Formosa ist ein Ort, den jeder Vogelbeobachter nicht verpassen darf! Er ist eines der wichtigsten geschützten Feuchtgebiete Europas und zeichnet sich durch Sanddünen an der Küste aus, die eine Lagune schützen und eine Vielzahl natürlicher Lebensräume bilden: Barriereinseln, Wattenmeer, Dünen, Salzwiesen, Süß- und Brackwasser, Wasserwege, Wälder und landwirtschaftliche Flächen. Die Wasservögel sind mit den meisten Arten aus den Ordnungen Anseriformes, Podicipediformes, Gruiformes, Ciconiiformes und Charadriiformes gut vertreten. Mehr als hundert Arten aus dieser Gruppe sind in der Region vertreten. Im Park ist es möglich, zu sehen: Zwergdommel, Purpurreiher, mehrere Arten von Lappentauchern und Enten, Purpurhuhn (das Symbol des Parks), Stelzenläufer, Seeregenpfeifer, Säbelschnäbler, Blauelster, Wiedehopf und Bienenfresser.

Sagres, im Westen der Algarve, ist ein bekannter Ort für die Vogelbeobachtung, vor allem während des Herbstzuges. Zu den Vögeln, die auf ihrem Zug vorbeikommen, gehören Seevögel, Greifvögel und Sperlingsvögel. Auch zu anderen Jahreszeiten ist die Vogelbeobachtung hier lohnenswert. Häufige Greifvogelarten in diesem Gebiet sind Gänsegeier, Schlangenadler, Zwergadler, Mäusebussard, Schwarzmilan, Schmutzgeier und Wanderfalke.

Ein weiterer obligatorischer Ort ist die Lagoa dos Salgados, eine große Brackwasserlagune an der Küste, die durch das angrenzende große Dünensystem des Strandes Praia Grande vor dem Meer geschützt ist. Dieser Ort ist ein Brutgebiet für Moorenten und ein beliebter Aufenthaltsort und Nistplatz für Purpurhühner, Purpurreiher und Zwergdommeln. Auch andere Reiher, Löffler und große Flamingos sind hier häufig anzutreffen.

Direkt an der spanischen Grenze liegt das Naturreservat Castro Marim. Das Gebiet ist geprägt von zahlreichen Kanälen, Salinen und Salzpfannen, in denen das ganze Jahr über mehr als 200 Vogelarten leben. Bei einem Tagesausflug in diesem Gebiet kann man leicht mehr als 60 Arten beobachten. Einige Brutvogelarten in diesem Gebiet sind der Säbelschnäbler, der Stelzenläufer, die Heinestummellerche (der einzige Ort in Portugal, an dem sie vorkommt) und der Häherkuckuck.